В 1988 году трое студентов высшей школы из Сакраменто, Стивен Карпентер (гитара), Эйб Каннингхэм (ударные) и Чино Морено (вокал), начали устраивать совместные джемы. Басисты на первых порах менялись довольно часто, и лишь с появлением Чи Ченга четырёхструнная вакансия была закрыта. В начале своей карьеры квартет ориентировался на традиционный хэви, но с наступлением 90-х к обычному металлу стали примешиваться влияния The Cure, Tool, Rage Against The Machine и Faith No More. В течение нескольких лет группа гастролировала, пытаясь заключить контракт с каким-нибудь лейблом. В 1993 году на кассете был выпущен первый демо-альбом (Like) Linus

Коллектив наконец-то привлек внимание представителей Maverick Records, и в октябре 1995-го этот лейбл выпустил дебютник Deftones — Adrenaline. При прослушивании альбома замечалось большое влияние The Smashing Pumpkins, через несколько лет Чино Морено сказал в одном интервью, что он очень любит первые 3 альбома этой группы. Почти все песни в альбоме тяжелые и эмоциональные, а немного сырой звук придает особую атмосферу пластинке. В альбоме заявлено 10 треков, но на самом деле их 11, скрытым треком является композиция «Fist». С альбома вышло два сингла — «7 Words» (1995) и «Bored» (1996). На них были сняты клипы.

Спродюсированный Терри Дэйтом (Metal Church, Soundgarden, Pantera) альбом имел относительно скромный успех, и поэтому команде пришлось поднимать свою популярность по старинке — с помощью бесконечных концертов.

Настоящий успех группу ждал после выхода второго альбома — Around the Fur. Звучание команды немного изменилось, появились электронные сэмплы на заднем плане некоторых песен («My Own Summer (Shove It)», «Around the Fur», «Dai the Flu», «Headup» и «MX»), за счет помощи клавишника Франка Дельгадо, которой уже через несколько лет стал официальным членом Deftones. Кроме Deftones, в записи альбома участвовали — Макс Кавалера (вокал и гитара в «Headup»), Анналин Куннингэм (вокал в «MX»), и как было сказано ранее, клавишник Франк Дельгадо. Этот альбом считается самым агрессивным у группы, несмотря даже на то, что два сингла с альбома стали весьма успешны коммерчески. Благодаря хитам «My Own Summer (Shove It)» и «Be Quiet And Drive (Far Away)» группе удалось занять свое место в ню-металлической лиге.

В 1998 году Deftones записали кавер песни «To Have And To Hold» группы Depeche Mode для трибьют-альбома For the Masses.

С выходом альбома White Pony звучание команды заметно изменилось, и в её прежний стиль звучания влились компоненты, позаимствованные у Cure, Smiths и My Bloody Valentine, в альбоме кроме привычного альтернативного рока, пост-гранжа и ню-метала появились элементы прогрессивного метала, шугейза, трип-хопа, нью-вэйва. Альбом стал платиновым, а за песню «Elite» группе вручена «Грэмми» (в номинации «Best Metal Performance»). Кроме «Elite», очень популярны ещё 3 песни с альбома — это синглы «Change (In the House of Flies)» (2000), «Back To School (Mini Maggit)» (2000) и «Digital Bath» (2001). На все эти песни были сняты клипы. Также, альбом White Pony очень примечателен количеством приглашенных музыкантов. В их числе: Мэйнард Джеймс Кинан (Tool, A Perfect Circle), Скотт Вейленд (Stone Temple Pilots), Родлин Гетскик, DJ Crook (Team Sleep). Стоит отметить, что это первый альбом, записанный группой впятером (с Фрэнком Дельгадо, который пришел в Deftones в 1999 году), а также то, что с этого альбома в группе стало 2 гитариста — вокалист Чино Морено тоже взялся за инструмент, и написал партии к некоторым песням. White Pony издавался на CD в 2000 году в трех изданиях — сером (стандартное с 11 треками), чёрном (лимитированное с бонус-треком) и красном (лимитированное с бонус-треком). Также альбом несколько раз переиздавался на виниле. Группа была в турне с поддержкой к альбому с 2000 по 2001 год включительно (в том числе группа выступила в Москве в 2001 году). В 2002 году был записан DVD Music in High Places: Live in Hawaii (вышел уже после релиза альбома Deftones), но фанатами и самой группой этот диск не признается как полноценный концертный DVD. В 2002 году группа приступила к записи четвёртого альбома.

Одноименный диск Deftones вышел в свет в мае 2003 года. Диск вышел намного мрачней, тяжелей и депрессивней предшественника White Pony. Главным хитом альбома стала песня «Minerva» — один из самых успешных синглов Deftones. Поначалу альбом должен был называться «Lovers». Но в итоге был просто назван в честь группы. Вторым синглом в декабре 2003 года вышел трек «Hexagram», но он не добился успехов в чартах. Также стоит отметить ещё 2 трека — «Bloody Cape», который не стал синглом, но на него сняли клип и он попал на EP «Hexagram» и часто игрался группой на концертах, а также трип-хоп композицию «Lucky You», в записи которой поучаствовал DJ Crook из Team Sleep, проекта Чино Морено. Эта песня вошла в саундтрек к фильму «Матрица: Революция». Группа гастролировала по миру в поддержку альбома с зимы 2003 года и до 2004 года. А в 2005 году был выпущен первый CD+DVD релиз группы — сборник B-Sides & Raritets.

Осенью 2006-го вышел альбом Saturday Night Wrist. На этом диске группа практически полностью отошла от стандартного ню-метала и альтернативы в сторону прогрессив-метала, экспериментального рока, психоделичной электроники, шугейза, пост-хардкора и пост-рока. Диск записывался почти два года, с перерывами. Альбом вышел в двух изданиях, обычном и цензурном. На обычной копии диска композиция «Pink Cellphone», записанная с вокалисткой Annie Hardy, идет 5 минут 4 секунды, а на версии с цензурой — 3 минуты 54 секунды, от песни отрезан последний куплет который изобилует ненормативной лексикой. Также в цензурной версии заменен мат в песнях «Rapture» и «Rats!Rats!Rats». Это первый альбом Deftones, который не продюсировал Терри Дейт. Продюсированием занимались несколько человек: Шон Лопез (гитарист группы Far и близкий друг Deftones, член группы Crosses), Боб Эрзин, Аарон Спринкл. Также в записи альбома принял участие вокалист System of a Down Серж Танкян, он исполнил вокальную партию в композиции «Mein», она стала синглом после лид-сингла «Hole in the Earth» в 2007 году. Группа провела в турне почти два года, посетив с концертом Москву в 2006 году.

В конце 2007 года Deftones приступили к подготовке пластинки с рабочим названием «Eros», но из-за того что Чи Ченг серьёзно пострадал в автомобильной аварии, запись была отложена на неопределенный срок. Временно на его место был принят Сержио Вега (Quicksand). Группа бросила все силы на новый альбом Diamond Eyes, который увидел свет в мае 2010 года. C него вышло четыре сингла — «Rocket Skates», «Diamond Eyes», «Sextape» и «You’ve Seen The Butcher». На все синглы были сняты клипы. Diamond Eyes был записан в течение нескольких месяцев. Впервые со времен Adrenaline на альбоме нет приглашенных музыкантов, а также это первый альбом записанный группой без басиста Чи Чэна.

16 апреля 2011 года в честь Record Store Day вышел официальный сборник Covers. На него попали песни, уже выходившие на сборнике B-Sides and Raritets, а также треки из цифровых изданий альбомов Saturday Night Wrist и Diamond Eyes. В августе 2011 года вышел пятый и последний клип на песню с альбома Diamond Eyes — «Beauty School». Видео представляет из себя нарезку кадров с выступлений группы в турне, посвящённом альбому Diamond Eyes в 2010—2011 годах. В сентябре 2011 года группа завершает свое двухлетнее турне концертами в Санкт-Петербурге и Москве. В сентябре группа берет небольшой отпуск, а после, уже в конце 2011 года снова отправится в студию для записи седьмого студийного альбома.

25 октября 2011 года вышла коллекция всех альбомов Deftones на винилах тиражом 1 000 копий под названием The Vinyl Collection 1995—2011. В неё вошли все альбомы группы, начиная с Adrenaline (1995) и заканчивая сборником Covers (2011).

Группа отправляется в студию с 9 июля для записи альбома. Их новая работа вышла 13 ноября 2012 и  называется "Koi No Yokan". По-японски это означает ощущение, аналогичное (но не идентичное) любви с первого взгляда. Это чувство, которое возникает у человека, когда он просто "знает", что потом влюбится в того, кого встретил. Оно означает, что будущая любовь неизбежна.

В возрасте 42 лет утром 13 апреля 2013 скончался басист  Чи Ченг. Он был в полу-коматозном состоянии более четырех лет после аварии в ноябре 2008 года.В дополнение к неполному восстановлению, Ченг кочевал из больницы в больницу из-за различных инфекционных заболеваний, а его семья пыталась найти деньги на лечение после того, как через несколько месяцев после аварии у него истекла страховка.

Группа возьмёт паузу в 2014-м году. «Музыканты только что закончили тур, и решили взять год отпуска. В начале следующего начинают работать над новым материалом.